持明院统(北朝)是指镰仓时代后期日本南北朝时代的后深草天皇系统，主要是第89代后深草天皇的子孙一系。今日本皇室来自于此系统。

　　持明院统天皇

　　后深草天皇(89代)

　　伏见天皇(92代)

　　后伏见天皇(93代)

　　花园天皇(95代)

　　光严天皇(北朝1代)

　　光明天皇(北朝2代)

　　崇光天皇(北朝3代)

　　后光严天皇(北朝4代)

　　后圆融天皇(北朝5代)

　　后小松天皇(北朝6代・100代)

　　称光天皇(101代)